هجمه ها به شخصیت آیت‌الله مصباح یزدی شاید از آن روز رنگ و بویی جدید به خود گرفت که استاد از تریبون نماز جمعه، باب نقد کژروی های فکری کسانی را گشود که سکولاریسم را تئوریزه می کردند و تساهل و تسامح را توسعه می دادند. از همان روزها بود که او هر بار به بهانه ای مورد هجمه طیف موسوم به اصلاح طلب قرار گرفت. گاهی "تئوریسین خشونت" لقبش دادند و گاهی او را "بی اعتقاد به خط امام" خواندند. اسلام سیاسی که او از آن سخن می گفت و مبانی که او تشریح می کرد، آن قدر در تضاد با اندیشه های وارداتی آن روزها بود که "آزادی بیان" هم نتواند آن را تحمل کند.
همان روزها و در رگبار اهانت ها بود که رهبر انقلاب در تجلیل از شخصیت آیت‌الله مصباح لب به سخن گشودند و فرمودند: «بنده نزدیک به چهل سال است که جناب آقای مصباح را می شناسم و به ایشان به عنوان یک فقیه، فیلسوف، متفکر و صاحب نظر در مسائل سیاسی اسلام ارادت قلبی دارم. اگر خداوند متعال به نسل کنونی ما این توفیق را نداد که از شخصیت هایی مانند علامه طباطبایی و شهید مطهری استفاده کند، اما به لطف خدا این شخصیت عزیز و عظیم القدر خلأ آن عزیزان را در زمان ما پر می کند.»
ایشان در سال 79 هم در جمع دانشجویان طرح ولایت به هجمه ها اشاره کردند و فرمودند: «این هجوم تبلیغاتی را که به شخصیت های برجسته، به انسان های والا و با اخلاق برجسته می کنند، اینها همه اش نشان دهنده اهداف و نیات دشمن است. یک نفر مثل جناب آقای مصباح که حقیقتا این شخصیت عزیز جزو شخصیت هایی است که همه دلسوزان اسلام و معارف اسلامی از اعماق دل بایستی قدردان و سپاسگزار این مرد عزیز باشند، مورد هجوم تبلیغاتی قرار می گیرند... حرف رسا و نافذ، منطق قوی و مستحکم هر جایی که باشد، آنجا را دشمن زود تشخیص می دهد، چون حسابگر است. دشمن آنجا را خوب می شناسد و به مقابله اش می آید. با مرحوم شهید مطهری هم همین جوری برخورد کردند.»
با این وجود اما اتهام زنی ها به شخصیت آیت‌الله مصباح و آنچه فرقه مصباحیه خوانده می شد، خاتمه نیافت و هر روز در قالبی جدید و با بهانه ای نو بروز پیدا کرد. سایت "آینده" طی مقاله ای با اشاره به سخنانی از استاد در خصوص کاستی های موجود در حوزه علوم انسانی، که پیش از این نیز توسط رهبر معظم انقلاب به عنوان ریشه های مشکلات و حوادث پس از انتخابات شناخته شده بود، با اتصاف صفت "تنگ نظری"به آیت الله مصباح یزدی نوشت: «باید خطاب به این جماعت پرمدعا گفت ضعف علمی شما و مراکزی که تأسیس کردید و ناتوانی ها و تنگ نظری هایتان و عدم توانایی برای تربیت استاد نتوانسته است شما را به آنجا که می خواستید برساند.»
این مقاله همچنین پرداختن به موضوع علوم انسانی غربی را که بارها در بیانات رهبر انقلاب در ماه های اخیر به آن پرداخته شده بود، آدرس غلط دادن خواند.
در این مقاله از یک سو مراکزی مورد اشاره قرار گرفته که با همت آیت‌الله مصباح راه اندازی شده اند، غافل از اینکه همین مراکز توسط امام راحل و مقام معظم رهبری از نظر مالی مورد پشتیبانی قرار گرفته اند و از سوی دیگر عزم محافل وابسته به استاد برای تحول در علوم انسانی و حرکت به سمت علم اسلامی، بی حاصل و شکست خورده لقب داده شده است. در عین حال طرح عناوینی نظیر "اقتصاد اسلامی" و "مدیریت اسلامی" هم "دشمن آفرین" دانسته شده است!
این در حالی است که تحول در علوم انسانی از مطالبات جدی رهبری طی سال های اخیر بوده و موسسه امام خمینی هم در این مسیر حرکت های قابل توجهی را آغاز کرده است. اگرچه تا حصول به مطلوب در این حوزه همچنان فاصله های جدی وجود دارد اما این به معنای شکست نبوده و نیست.
رهبر انقلاب در خصوص لزوم تحول در حوزه علوم انسانی فرموده بودند: «من درباره‌ى علوم انسانى گلایه‌اى از مجموعه‌هاى دانشگاهى کردم - بارها، این اواخر هم همین جور - ما علوم انسانى‌مان بر مبادى و مبانى متعارض با مبانى قرآنى و اسلامى بنا شده است. علوم انسانى غرب مبتنى بر جهان‌بینى دیگرى است؛ مبتنى بر فهم دیگرى از عالم آفرینش است و غالباً مبتنى بر نگاه مادى است. خوب، این نگاه، نگاه غلطى است؛ این مبنا، مبناى غلطى است. این علوم انسانى را ما به صورت ترجمه‌اى، بدون اینکه هیچگونه فکر تحقیقىِ اسلامى را اجازه بدهیم در آن راه پیدا کند، می آوریم تو دانشگاه‌هاى خودمان و در بخشهاى مختلف اینها را تعلیم میدهیم؛ در حالى که ریشه و پایه و اساس علوم انسانى را در قرآن باید پیدا کرد.»
تاسیس موسسه "در راه حق" که در همین خط سیر معنا پیدا می کرد، از همان آغاز مورد پشتیبانی و حمایت امام راحل قرار گرفت. حجت الاسلام رحیمیان پیشتر با اشاره به این موضوع گفته بود:«امام(ره) نسبت به تاسیس برخی مدارس و مؤسسان برخورد منفی داشتند، مثلاً در قبال پیشنهادی که از سوی آقای منتظری خدمت امام(ره) نقل کردم که امام(ره) 10 میلیون تومان کمک کند تا یکی از مدارس توسعه یابد و سالن ساخته شود، امام(ره) نه تنها جواب مثبت ندادند بلکه چند بار تکرار کردند، "من خوف این را دارم که. . . " به شدت برخورد منفی کردند.»
با این همه و با وجود حساسیت هایی که امام داشتند و مخالفت هایی که حتی با پیشنهادات برخی مراجع تقلید صورت می گرفت، ایشان علاوه بر شهریه عمومی ای که برای طلاب پرداخت می کردند، هزینه و بودجه مؤسسه را هر ماه طی صدور چکی به نام آقای مصباح پرداخت می کردند که این مطلب حکایت از اطمینان کامل امام(ره) به عملکرد علمی و سیستم آموزشی آیت‌الله مصباح داشت.
در سال های بعد هم رهبر انقلاب ایشان را به عنوان رییس موسسه امام خمینی(ره) منصوب کردند. در حکم انتصاب ایشان در سال 1374 آمده است: «اکنون که بحمدلله موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(اعلی الله مقامه) در سایه تلاش پیگیر و موفق جنابعالی رسمیت یافته و به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسیده است، جنابعالی را که از برکات ماندگار حوزه علمیه قم و از چهره های موصوف و معروف به علم و عمل و جد و ابتکار می باشید به ریاست و مدیریت این موسسه منصوب می کنم... با توجه به احاطه و نکته دانی آن جناب، خود را از توصیه به کارهای بایسته بی نیاز می دانم و شما و همه همکاران هوشمند و دلسوزتان را به لطف و هدایت و فضل مستمر پروردگار متعال می سپارم.»
مجموعه تلاش های آیت‌الله مصباح یزدی اساتید و شاگردان کثیری را برای انقلاب بر جای گذاشت. اساتیدی که بعضا تنها توفیق استفاده از محضر استاد را داشتند و اساتیدی که توفیق حضور در موسسه را در کارنامه خویش ثبت کرده اند. در ذیل به‌طور به برخی چهره های مرتبط با ایشان اشاره می شود:
حجت الاسلام و المسلمین غلامرضا فیاضی: وی از برجسته ترین اساتید فلسفه در ایران و صاحب نظریه جدید "عینیت وجود و ماهیت" است. وی همچنین از اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و اساتید موسسه امام خمینی است.
حجت الاسلام و المسلمین سید محمود نبویان: از شاگردان برجسته آیت‌الله مصباح یزدی است که فاتح مناظرات تئوریک در دوران دوم خرداد با برخی عناصر مدعی روشنفکری بود، صاحب آثار متعددی در زمینه کلام جدید است از جمله "سروش مغالطات"، "نقدی بر صراط های مستقیم" و "علوم تجربى در عالم غرب".
حجت الاسلام و المسلمین محمود رجبی: وی که از فضلای عضو جامعه مدرسین و اساتید برجسته حوزه علمیه قم است، هم اکنون قائم مقام موسسه امام خمینی است.
حجت الاسلام و المسلمین مرتضی آقاتهرانی: پیش از آنکه دولت احمدی نژاد بر سر کار بیاید، دروس اخلاقش محل اجتماع علاقه مندان در شهر مقدس قم بود. او فوق لیسانس روانشناسی را از بنیاد باقرالعلوم گرفت و سپس در قالب یک گروه، با نظر آیت‌الله مصباح به همراه زن و فرزند عازم غرب شد. وی از دانشگاه مک گیل در مونترال مدرک فوق لیسانس عرفان گرفت. سپس به آمریکا مهاجرت کرد و در سال 2000 از دانشگاه ایالتی نیویورک در بینگهمتون با تزی با موضوع "درباره عرفان غیر نمادین ابن سینا"» مدرک فوق لیسانس فلسفه گرفت. او مسئولیت امامت جمعه و ادارة مؤسسه اسلامی نیویورک را هم به عهده داشت. با اخذ مدرک دکترای فلسفه عرفان، کار درسی اش در آنجا تمام شد و به قم بازگشت. مهاجرت او به غرب حدود هشت سال طول کشید (از سال 1371 تا 1379) آقاتهرانی بعد از روی کار آمدن دولت نهم، استاد اخلاق هیئت دولت لقب گرفت و از سوی مردم تهران هم به عنوان نماینده مجلس شورای اسلامی انتخاب شد.
از دیگر شاگردان آیت الله مصباح یزدی می توان به سید محمدرضا طباطبایى (مدیر جامعة الزهرا)، دکتر عباسعلى شاملى (استادیار مؤسسه آموزشى امام خمینى)، دکتر سید احمد رهنمایى(معاون اطلاع رسانی مؤسسه امام خمینى)، دکتر محمد فنایى اشکورى (استادیار مؤسسه آموزشى امام خمینى)، دکتر شمالى (استادیار مؤسسه آموزشى امام خمینى)، دکتر محمد جواد زارعان (رییس مرکز انتشارات مؤسسه امام خمینی)، اکبر میرسپاه (استاد دروس معارف قرآن)، سید محمد غروى (مدیر گروه روان شناسى مؤسسه امام خمینى)، مجتبی مصباح یزدی،علی مبشری (رییس دادگاههای انقلاب اسلامی تهران) اشاره کرد.
همچنین در میان اساتید و مدیران گروه‌های پژوهشی موسسه امام خمینی علاوه بر شاگردان طراز اول آیت‌الله مصباح، اساتیدی را می توان یافت که در زمره شخصیت‌های صاحب‌نام سیاسی هستند. پرویز داوودی (معاون اول سابق رئیس‌جمهور – مدیر گروه اقتصاد)، منوچهر محمدی (معاون وزیر امور خارجه – مدیر گروه علوم سیاسی)، عباسعلی کدخدایی (سخنگوی شورای نگهبان – مدیر گروه حقوق)، سیدمحمد غروی (سخنگوی سابق و عضو شورای مرکزی جامعه مدرسین – مدیر گروه روانشناسی)، غلامحسین الهام(سخنگوی سابق دولت و عضو شورای نگهبان) و اساتیدی نظیر ابراهیم فیاض وموسی نجفی از آن جمله اند.
گفتنی است در انتخابات نهم نیز که سرفصل بازگشت به گفتمان انقلاب و امام گشوده شد، آیت‌الله مصباح یزدی و شاگردان او حضوری موثر در عرصه سیاسی کشور داشتند؛ حضوری که البته طبیعی بود خشم برخی دیگر را به دنبال داشته باشد. همان زمان بیش از 60 نفر از شاگردان و همفکران آیت‌الله در حمایت از احمدی‌نژاد در دوره اول و دوم انتخابات ریاست جمهوری صادر کردند. مرتضی آقاتهرانی، سیداحمد رهنمایی، قاسم روانبخش، محمدناصر سقای‌بی‌ریا، علیرضا پناهیان، محمد فنایی نعمت‌سرا، محمود نمازی، حسین جلالی، محمدحسین برجیان، علی و مجتبی مصباح یزدی، محمود دهقانی، عبدالمجید اشکوری، اباالحسن حقانی، علی معصومی‌نیا، سیدمحمود نبویان، حمید کثیری، عبدالجواد ابراهیمی، محمدمهدی نادری، احمد و علی ابوترابی، حمید رسایی، احمد رهدار، اکبر میرسپاه و... از جمله این افراد بودند.
به نظر می‌رسد هجمه به استاد مصباح یزدی به قیمت تخطئه ضروریاتی نظیر تحول در علوم انسانی که از مطالبات رهبر انقلاب بوده و هست و بارها و بارها هم از طرف ایشان مورد تاکید واقع شده است، و نیز بهانه کردن مواردی از این دست پیام های روشنی را با خود به همراه دارد. کسانی که دم از اندیشه می زنند اما از اندیشه می هراسند، چاره ای جز این گونه مواجهه با او ندارند. روزی قتل های زنجیره ای را به او نسبت می دهند و روز دیگر از کانال مغلطه میان مشروعیت و مقبولیت نظام به تخطئه اش می نشینند. اتهام زنی هایی از این دست گواهی است بر فقدان پشتوانه ایدئولوژیک کافی برای بحث و مناظره در چارچوب منطق و دلیلی است بر ترس از تبیین درست و تام اندیشه اسلام و خط امام.
